La madera de Palo Santo es considerada un amuleto protector. Según los nativos americanos, el humo que se desprende al quemarse ahuyenta las malas energías y atrae las positivas. 

Se le atribuye la capacidad de limpieza espiritual y su aroma relaja y transporta a un estado de paz y calma. Su aroma penetrante, dulce y con notas cítricas se considera que mejora el estado de ánimo, suaviza los conflictos y mejora la relación amorosa y espiritual en parejas